המרכז הוקם בשנת 1947, במבנים בריטיים שננטשו עם סיום המנדט הבריטי. המבנים הללו באו לענות מידית לצרכים הרפואיים שהתעוררו עם קום המדינה. טרם השימוש במבנים אלו, לטפול בבעיות נפשיות, שימשו המבנים לקליטת עולים חדשים בשנות ה50- ולאחר פינויים של העולים למבני קבע, שוכנו במבנים אלו חולי שחפת.

היות ובארץ קלטו בשנים הראשונות להקמתה, אלפי עולים ניצולי רדיפות הנאצים ששרדו לאחר מלחמת העולם השנייה והיות שחלק מניצולים אלו נפגעו בנפשם, עלה הצורך במתן מסגרת טיפולית תמיכתית. לכן, לאחר מתן המענה לחולי השחפת, שוכנו במבנים הללו חולים שסבלו מבעיות נפשיות. מכאן, אוכלוסיית המטופלים דאז היו נפגעים ניצולי שואה כאשר מרכז זה היווה בית עבורם. במקביל, מרכז רפואי זה נתן ועדיין נותן מענה לכלל האוכלוסייה הסובלת מבעיות נפשיות באזור השרון.

בראשית הדרך אושפזו המטופלים במבנים של המחנה הבריטי. היו אלה מבנים שלא הותאמו מראש לצרכים הספציפיים של חולי הנפש. תנאי המחיה היקשו על מתן שירותים טיפוליים. המרכז הרפואי היה מחולק לשני אתרים הנפרדים זה מזה ע"י כביש בין עירוני – עובדה שהקשתה על בטחון החולים, ניהול, פיקוח, מתן שרות סיעודי, רפואי ומשקי.במהלך השנים שופצו וחודשו מספר מבנים.

לקראת שנות האלפיים (בשנות ה- 90), הוכנה תכנית אב במטרה להפכו למרכז האזורי לבריאות הנפש. מרכז שיעמוד בסטנדרטים שנקבעו ע"י משרד הבריאות, הן מההיבט האיכותי (רמת השרות והיקפו) והן מההיבט הכמותי (מספר מטות, מספר מרפאות ותקני כוח אדם).

בסוף שנות ה-90, הוחלט על פתוח שרותי קהילה והעברת מטופלים כרוניים למסגרות תומכות בקהילה (הוסטלים, דיור מוגן, בית לחיים). במקביל לתכנון החלו לבצע בשלבים את תכנית הבניה בבית החולים. כיום, ניתן לומר כי כל המטופלים במחלקות השונות מאוכלסים במבנים מודרניים, ובתנאי מלונאות ברמה גבוהה.

כל המבנים החדשים מרוכזים באזור המזרחי – דרומי של המרכז לבריאות הנפש בו מאוכלסים המטופלים. באתר המערבי הנפרד ע"י כביש בין עירוני, נבנו שלושה מבנים חד קומתיים ובו מאוכלסים חולי נפש ניצולי שואה שהינם כיום קשישים וזקוקים לטפול סיעודי, זהו המעון לניצולי השואה ע"ש ויזנטל. גם לאלה תנאי מלונאות ברמה גבוהה ורמת טפול סיעודית גבוהה.